分子对接

分子对接

产品简介

分子对接是一种理论模拟方法，主要研究分子间（如配体和受体）相互作用，并预测其结合模式和亲合力

应用领域

环境检测

能够研究污染物与生物体内部的靶点分子之间的相互作用，为环境污染的预防和治理提供理论依据，例如探讨重金属污染的毒理效应和治理策略。
食品领域

可用于研究食品中添加剂与靶点分子之间的相互作用，为食品添加剂的合理使用和监管提供理论支持。
药物研发

在新药研发中，可基于靶点结构筛选能与之结合的先导化合物，指导药物分子结构的合理优化；也可用于药物再利用，为已知药物寻找新靶点，还能解释药物的作用机制、副作用等。

相关软件

AutoDock、UCSF DOCK、AutoDock Vina

分析内容

01

准备阶段

准备配体结构文件并进行预处理，如结构转换、优化等；准备蛋白的晶体结构文件，若没有则需根据完整氨基酸序列进行结构建模，同时对蛋白结构进行修复和调整等预处理；还需确定对接位点，若受体蛋白无活性位点信息，可能需要额外的预测服务。
02

对接计算

以预测的口袋位置中心为坐标原点建立对接盒子，根据配体信息设定对接盒子大小等参数，设定对接参数并选择对接精度，检查结构文件和参数文件后，启动对接程序进行计算。
03

结果分析

分析对接得到的位点预测图、所有对接可能构象亲和力打分表，绘制优势结合构象对接图等，包括结合表面图、相互作用图、残基接触图、2D 相互作用图等，以确定配体与受体的结合模式、结合亲和力等，并筛选出有潜在活性的配体。