项目名称

几种不同蛋白与小分子对接构象的分子动力学模拟及分子间相互作用分析

软件及版本

UCSF Chimera 1.17.3、Gromacs 2022.6、VMD version1.9.4a51、OpenBabel 2.4.1、Discovery Studio 3.0、AmberTools23等

计算方法

依据牛顿力学和统计力学原理进行分子力学模拟，计算不同类型原子在运动过程中力的大小和方向，根据牛顿运动方程数据积分确定每个原子或分子的位置和速度随时间的演化。引入温度、压力和体系间的相互作用势能等参数，使用统计力学的概念和方法计算能量、熵和自由能等参数。

项目综述

几种不同蛋白与小分子对接构象下的分子动力学模拟并分析分子动力学模拟过程中蛋白与小分子之间的相互作用强度。根据计算结果判断小分子与具体哪种蛋白结合能力最强以及贡献作用力的氨基酸种类、氢键数量等数据。设计蛋白突变体模型并进行分子动力学模拟，分析突变体蛋白与小分子的结合能力变化。